Можно немного прояснить принцип регулирования. На 2 входе (-IN) установлено опорное напряжение около 2,5 В. На другой вход 1 (+IN) через делитель подается выходное напряжение. Пока напряжение на выходе низкое, длительность импульсов ШИМ максимальна и происходит накачка энергии в нагрузку. Напряжение на выходе потенциометра и (+IN) начинает расти. Как только напряжение на входах (+IN) и (-IN) сравняются, длительность импульсов ШИМ начнет уменьшаться схема перейдет в режим стабилизации.
"Если напряжение на нем высокое (> ~ 3,5 В на выводе 3), нет никакого способа для запуска ИБП на ШИМ-контроллере (импульсы от него будут отсутствовать)." В этом случае надо искать откуда оно появилось. А появляется оно когда напряжение на одном из входов усилителя ошибки +IN1 или +IN2 выше напряжения на соответствующем входе -IN.